La mina Pastora alberga de forma permanente una importante colonia de murciélagos, con una población aproximada de 3.000 individuos. Esta mina ocupa el octavo lugar en importancia de los 26 refugios cavernícolas en los que se llevaron a cabo censos de quirópteros según el informe del Proyecto Life realizado durante los años 2006 a 2008 (Junta de Extremadura, 2008). La colonia está compuesta principalmente por el murciélago de alas dobladas de Schreibers (Miniopterus schreibersii), el murciélago ratonero grande (Myotis myotis) y el murciélago grande de herradura (Rhinolophus ferrumequinum), pero también por otras especies menos numerosas como el murciélago mediano de herradura (Rhinolophus mehelyi), el murciélago mediterráneo de herradura (Rhinolophus euryale) y el murciélago ratonero forestal (Myotis bechsteinii) que son especies protegidas (Schreur y de Paz, 2007).
        Todas las especies de murciélagos de la mina Pastora son insectívoras y la mayoría de ellas utiliza la mina como maternidad de murciélagos de mayo a agosto. Un gran número de insectos, principalmente mosquitos, especialmente importantes en verano, y un número menor de artrópodos, polillas y otras especies de mariposas, sirven de alimento a estos murciélagos insectívoros.